เนื่องจากน้ำส้มสายชูแอปเปิ้ลไซเดอร์มีคุณสมบัติต้านการอักเสบและต่อต้านจุลินทรีย์ จึงถูกนำมาใช้รักษาอาการเจ็บคอมาเป็นเวลานาน เนื่องจากประสิทธิภาพในการป้องกันฟันผุและขจัดกลิ่นปาก จึงเป็นน้ำยาบ้วนปากออร์แกนิกที่มีประสิทธิภาพ เจือจางในน้ำก่อนกลั้วคอด้วยความระมัดระวัง เพราะกรดมีแนวโน้มเป็นกรดที่สามารถทำลายแบคทีเรียแต่ยังทำให้แสบคอได้ มีปัญหาสุขภาพที่รุนแรงเกี่ยวกับยาฆ่าแมลงในผักและผลไม้ สารพิษเหล่านี้ยากที่จะกำจัดออกจากพื้นผิวด้วยน้ำเพียงอย่างเดียว คุณสมบัติที่เป็นกรด ต้านจุลินทรีย์ และสารต้านอนุมูลอิสระของ น้ำส้มสายชู แอปเปิ้ลไซเดอร์มีประโยชน์ในสถานการณ์นี้ น้ำส้มสายชูแอปเปิ้ลไซเดอร์ได้รับการพิสูจน์แล้วว่าสามารถทำลายเชื้อโรครวมถึงเชื้ออีโคไลและเชื้อซัลโมเนลลาเมื่อใช้ล้างผักและผลไม้