การดื้อยาจากเชื้อ gonococcal ถูกอนุมานผ่านข้อมูลความไวต่อยาในหลอดทดลองและการสำรวจทางระบาดวิทยา แทนที่จะเป็นการทดลองทางคลินิกที่แสดงให้เห็นถึงอัตราความล้มเหลวในการรักษาที่เพิ่มขึ้น ในสหรัฐอเมริกา แนวโน้มการดื้อยาของเพศชายที่เป็นโรคหนองในท่อปัสสาวะที่จุดตรวจรักษาทั่วประเทศได้รับการติดตามโดยศูนย์ควบคุมและป้องกันโรค (CDC) ซึ่งสนับสนุนโครงการเฝ้าระวังเชื้อ Gonococcal Isolate Surveillance (GISP) ซึ่งก่อตั้งขึ้น โรคหนองใน ในปี พ.ศ. 2529   โครงการที่คล้ายกันนี้ได้รวบรวมข้อมูลเกี่ยวกับ การดื้อยาต้านจุลชีพ ของ N. gonorrhoeaeในภูมิภาคอื่นๆ ของโลกปรแกรมการเฝ้าระวังดังกล่าวได้แสดงให้เห็นถึงการดื้อยาที่เพิ่มขึ้นทั่วโลกต่อยาปฏิชีวนะหลายกลุ่ม รวมถึงเพนิซิลลิน เตตราไซคลิน มาโครไลด์ และฟลูออโรควิโนโลน โดยมีการบันทึกการดื้อยาข้ามระหว่างสองคลาสขึ้นไปแนวโน้มที่น่าตกใจอย่างยิ่งใน การดื้อยาของเชื้อ N. gonorrhoeaeคือความไวต่อ cephalosporins และazithromycin ที่ลดลง ภัยคุกคามที่เกิดขึ้นใหม่ของโรคหนองในที่ดื้อต่อยาต้านจุลชีพนั้นชัดเจนในผู้ชายที่มีเพศสัมพันธ์กับผู้ชาย (MSM) มากกว่าผู้ชายที่มีเพศสัมพันธ์กับผู้หญิงเท่านั้น (MSW) ข้อมูลการเฝ้าระวังจาก GISP ซึ่งรวมอาการของโรคหนองในแท้มากกว่า 34,000 ครั้ง พบว่าเชื้อที่แยกได้จากกลุ่มชายรักชายมีแนวโน้มที่จะแสดงการดื้อยาต้านจุลชีพต่อยาปฏิชีวนะทุกประเภทที่ระบุไว้ข้างต้น รวมทั้ง cephalosporins มากกว่าเชื้อที่แยกได้จาก MSW